Lääkärihelikopterien toiminnasta vastaa Medi-Heli ry. Yhdistyksellä on vuosikokouksen valitsema hallitus sekä toimisto, josta johdetaan käytännön työtä. Lääkärihelikopterien varsinaisen tehtävän toteuttamiseksi yhdistys on solminut kolme operaattorisopimusta.

• Lentopalvelut, joka sisältää helikopterin varusteineen sekä lentäjät, ostetaan Maarianhaminalaiselta Skärgårdshavets Helikoptertjänst Ab:lta.
• Lääkintäpalvelut, joka kattaa lääkärit, lääkkeet ja hoitovälineet ostetaan Turun tukikohdan osalta helsinkiläiseltä EMA Group Oy:ltä. Vantaalla lääkintäoperaattorina toimii yhdistys itse.
• Lentoavustajat saadaan Vantaan ja Turun pelastuslaitoksilta kummankin kaupungin panostuksena toiminnalle.